本发明公开了一种机场净空保护区内无人机入侵分级预警方法及存储介质，该方法为：实时获取无人机的信息；根据无人机的经纬度判断其是否进入净空保护区；若否，为第一预警等级并生成预警信息；若是则判断是否进入核心保护区；若否，为第二预警等级并生成预警信息；若是则获取民航客机的信息并查询民航客机起降航迹数据库以预测其航迹；根据航迹和无人机的最大飞行速度计算两者的最近会遇点；判断最小会遇距离和最小会遇时间是否均小于预警阈值；若否，为第三预警等级并生成预警信息；若是，为第四预警等级并生成预警信息。该方法可以根据无人机的位置以及其与民航客机的最小会遇距离和时间，判断该无人机的入侵危害等级，生成对应的预警信息。