一种存储式测井双电池管理系统及其控制方法，系统包括主电池短节以及备份电池短节；主电池短节包括主电池体，主电池体的两端通过连接器组件分别连接非承压接插件，主电池体其中一端的连接器组件与非承压接插件之间连接电池切换管理单元；备份电池短节包括备份电池体，备份电池体的两端通过备连接器组件分别连接非承压接插件；主电池体非承压接插件与备份电池体非承压接插件可拆卸式接插连接；主电池体首先工作，当电量耗完时备份电池体工作。本发明存储式测井双电池管理系统的控制方法通过电池切换管理单元获知仪器耗电多少、电池剩余电量有多少、推算出还能用多少时间，能够保证电池电量满足正常测井工作的需要，并且能够有效的控制电池成本。