本发明公开了一种Ka/C双频高度计消除电离层误差方法及系统，Ka/C双频雷达高度计的Ka频段中心频率为35.7GHz，C频段中心频率为5.3GHz。该方法包括：根据Ka/C双频雷达高度计的回波波形测量值建立误差方程；采用最小二乘平差方法确定误差方程中的参数值；根据参数值得到Ka/C双频段测距改正值和双频段海况偏差改正值；根据Ka/C双频高度计观测值、Ka/C双频段测距改正值和Ka/C双频段海况偏差改正值综合确定Ka频段的电离层误差改正值。采用本发明的方法及系统，能够大幅减小电离层对卫星测高的影响，提高卫星测高精度。