本发明公开了一种电力电子变压器系统故障重构方法，属于电力电子技术领域。中间保护开关由3个同开同闭的开关组，分别与级联整流器的上输出口、钳位中点、下输出口相串联；当电力电子变压器正常运行时，中间保护开关处于闭合状态，直直变换器处于投放状态；当电力电子变压器直流环节出现故障后，快速断开中间保护开关；具体包括：载波层叠计算，产生电平k，同时判断调制波u*所处区域R；根据k及R，建立n子模块级联整流器的开关状态方程，建立第一开关状态表；采集各子模块的直流输出电压并进行排序，将所得开关状态进行平滑优化处理并建立第二开关状态表，将第二开关状态表中的开关状态匹配到各子模块，即完成了对直流环节故障的重构。