本发明公开了一种三坐标定位器调姿运控方法、系统、调姿控制器及存储介质，该方法包括：解算刚体的平动移动量和平动方向矢量，以及刚体定轴转动的转动角度和转动轴矢量；解算刚体定轴转动过程的每个定位器的空间圆弧轨迹的圆心和半径，并解算圆弧角速度范围和刚体角速度范围；进行刚体复合运动速度规划并修整；按每个定位器驱动轴允许的速度范围和加速度范围调整刚体复合运动的速度和加速度，重新进行刚体复合运动速度规划并修整；按时间分割法进行插补计算，输出每个定位器三轴指令坐标位置；根据每个定位器三轴指令坐标位置和空间误差数据进行空间补偿，输出各轴驱动器的实际位置。本发明可满足加速度要求且有冗余驱动轴，调姿过程平稳无冲击。