本申请公开了一种基于测序数据识别染色质开放区域的方法及装置。本申请方法包括，测序数据处理步骤，根据cfDNA全基因组测序数据在参考基因组的位置，计算窗口化保护评分和测序深度；初步筛选步骤，定位WPS的波峰和波谷，将相邻波峰的间距大于阈值的区域作为候选染色质开放区域；波峰参数筛选步骤，根据候选染色质开放区域两侧各3‑9个WPS的波峰面积、波峰夹角，波峰间距、波峰高度和波峰宽度进一步筛选；染色质开放区域识别步骤，通过cfDNA平均标准化测序深度验证，准确识别染色质开放区域。本申请方法，无需借助参考图谱，不依赖任何试剂或试验，仅通过数据分析即可简单、有效的获得染色质开放区域，提高了检测质量和效率。