本发明属于功能高分子材料技术领域，公开了一种抗菌密封胶的制备方法。该方法步骤如下：（1）将二元醇和二异氰酸酯加入反应容器中，在60～90℃条件下反应，得到预聚物体系；（2）向预聚物体系中加入封端剂进行封端反应，封端反应结束后得到封端预聚物，封端预聚物中NCO基团的含量为0.1%～0.3%；（3）向封端预聚物中加入双羟基季铵盐进行扩链反应，当反应体系中NCO基团含量为0时，反应结束，得到反应产物即为抗菌密封胶。采用本发明方法制备得到了一种分子链上接枝有季铵盐离子基团的聚氨酯密封胶，该聚氨酯密封胶具有优异的抗菌性能和粘结性能，抗菌性能持久，使用过程中抗菌剂不会析出，可适用于防水密封环境中。