本发明公开了一种山羊CCSER1基因CNV标记的检测生长性状的方法及其诊断试剂盒：基于实时荧光定量PCR技术，以山羊基因组DNA为模板，利用一对特异性引物扩增CCSER1基因的拷贝数变异区域部分片段，利用另外一对特异性引物扩增作为内参的MC1R基因部分片段，根据定量结果并利用2‑ΔΔCt鉴定个体的拷贝数变异类型。根据对山羊CCSER1基因拷贝数变异与生长性状之间进行的关联分析，本发明提供的方法可以为选育山羊优势种群提供参考的分子标志物，有利于加快山羊分子标记辅助选择育种工作，该方法简单、快速，便于推广应用。