本发明公开了一种以混合胶束提取分离黄芩苷的方法，属于天然产物提取分离技术领域。本发明主要分为两个步骤，第一，利用非离子表面活性剂Genapol X‑080和双子型表面活性剂16‑5‑16形成的混合胶束有效提取黄芩苷。第二，利用“相似相溶”原理对胶束中的黄芩苷进行纯化和反萃取，再通过降温结晶得到黄芩苷固体。混合胶束对含有多羟基的黄芩苷具有更好的传递能力，相较于传统的溶剂提取方法，本发明中方法使用的有机溶剂和酸水含量更少，更符合绿色化学的宗旨。以本发明中的方法分离得到的黄芩苷纯度高达92.4％，具有较高实际应用价值。