本发明公开了一种含多子系统的综合能源计量系统运行状态预测方法、系统、介质及设备，属于能源系统运行状态预测技术领域，用于解决目前评价方法复杂、预测准确性不高的技术问题，此方法包括步骤：S1、获取综合能源计量系统所含子系统运行状态信息；S2、构建含子系统运行状态信息的综合能源数据映射矩阵；S3、基于线性最大特征值法计算各子系统的权重系数；S4、基于阈值差异性判决实现系统健康状态预测。本发明具有降低综合能源计量系统运行健康状态预测复杂性和提高运行健康状态预测准确性等优点。