本发明公开了一种基于双域卷积神经网络的快速磁共振重建系统及其训练方法与应用，该快速磁共振重建系统由多个第一数据处理装置和一个第二数据处理装置以级联的方式组合而成；第一数据处理装置包括第一k空间数据处理模块、第一图像域数据处理模块、k空间数据融合模块和图像域数据融合模块；第二数据处理装置包括第二k空间数据处理模块、第二图像域数据处理模块和数据融合输出模块。本发明以并联的形式来设计双域网络结构，两个数据处理装置均可实现k空间数据和图像域数据的并行处理，并结合数据约束处理和数据融合等，重建出高质量的磁共振图像。