本发明涉及一种软土地层中地铁下穿地下空间保护结构及施工方法，位于预先规划完成后的隧道线上设置基坑，包括位于基坑内的加固结构，加固结构包括位于基坑坑底的底板、位于底板下方的工程桩以及沿基坑内侧壁一周设置的连续的地下连续墙，所述地下连续墙的下部还连接有掘进破碎部，所述地下连续墙的刚度高于掘进破碎部的刚度，掘进破碎部的强度大于土体的强度，隧道线位于掘进破碎部上并且穿过掘进破碎部设置。本发明具有在增加地铁隧道线路上部地块的利用率同时，提高隧道线上方结构的稳定性的效果。