本发明涉及一种基于调频相控式脉冲激光的脉动填丝焊接方法及系统，该方法包括：脉动送丝电源连接脉动送丝电机和信号采集单元，控制器通过脉动送丝电机控制焊丝进行周期性填丝和回抽，依次连接信号采集单元、控制单元、计算机和脉冲激光发生器，控制单元，控制单元输出触发信号，计算机控制脉冲激光的输出功率，触发信号在一个周期内依次为回抽脉冲Gbs、移相脉冲 和填丝脉冲Gfs，脉动送丝电机进行回抽和填丝时，计算机先后接收到Gbs、 和Gfs，脉冲激光发生器对应输出过渡脉冲、低功率脉冲和高功率脉冲，实现焊丝的完全融化。与现有技术相比，本发明具有焊接均匀、熔深大等优点。