本发明公开了一种带有未知外部扰动的耙吸挖泥船的跟踪控制方法，获取带有未知外部扰动的耙吸挖泥船的运动学和动力学模型；设计外部扰动观测器的滑模面及外部扰动观测器；对耙吸挖泥船设计能够在运动学上实现目标跟踪的虚拟控制器；对耙吸挖泥船设计动力学控制器并求得耙吸挖泥船运动学参数，并在外部扰动观测器的配合下使得耙吸挖泥船运动学参数收敛至虚拟控制器，实现目标跟踪。具有基于有限时间的参数优化，嵌套层数低，物理意义明确的优点；且在实际控制过程中耙吸挖泥船的运动平稳性好，鲁棒性较优良。