本发明公开一种码垛系统及其工作方法，码垛系统包括第一流水线，第一流水线包括编组输送带、过渡输送带、整理输送带、赶箱输送带和码垛夹具，编组输送带的侧面设置有至少一个编组机器人，编组机器人用于对编组输送带上的货箱进行平移或摆位，过渡输送带用于对从编组输送带输入的若干货箱进行堆积，整理输送带用于将从过渡输送带输入的若干货箱整理为单层货垛，赶箱输送带用于将单层货垛输送至码垛夹具。编组机器人对编组输送带上的货箱进行平移或摆位，在货箱的编组过程中，编组输送带始终保持运行，大大提高了货箱的编组效率，若干货箱以单层货垛的形式作为码垛单位进行码垛，码垛效率高，编组方式灵活多样，适应多种垛形式的码垛。