一种面向导航卫星的分级时间频率系统，属于导航卫星时频系统技术领域，所述地面运控系统对导航处理机的周计数和秒计数进行设置，利用星地链路完成周计数和秒计数的注入，导航处理机根据注入信息调整自身的周计数和秒计数；地面运控系统对导航处理机1PPS进行修正；所述导航处理机与中心计算机通过1PPS信号接口连接，中心计算机通过总线从导航处理机获取时间，然后利用1PPS信号接口完成二级精度时间同步；所述导航处理机与终端单机通过1PPS信号接口、10.23M信号接口连接，中心计算机通过总线向终端单机分发二级精度时间。本发明的分级时间频率系统具有良好的健壮性，提高了导航卫星整星的可靠性。