本发明涉及植物色素提取技术领域，提供了一种红色系Lotos亚属睡莲色素及其提取方法和应用。本发明将红色系Lotos亚属睡莲花瓣和提取剂混合，然后依次进行超声处理和微波处理，将所得处理液固液分离，得到色素提取液；所述提取剂为乙醇‑酸混合溶液。本发明采用超声+微波的提取方法对红色系Lotos亚属睡莲色素进行提取，安全、提取率高，提取出的色素质量上乘；本发明采用乙醇‑酸混合溶液作为提取试剂，无毒，安全；本发明提供的提取方法步骤简单，易操作，提取率高。将本发明提取到的色素应用于睡莲组培中，能够促进胎生点中多个芽点的萌发，且液体培养基中低添加量的色素提取物有利于萌发芽点的生长。