本发明为一种基于航空电磁法的深大断裂三维探测方法，解决了现有技术中探测深大断裂无法实现长大连续区段高效三维探测和三维成果分析，无有效方法解决深大断裂发育区工程选址大范围比选的难题等问题。本发明包括如下步骤：1)确定航空物探探测区域位置和范围；2)确定航空物探电磁法测线布置，深度和范围满足工程方案研究比选的三维变化范围；3)航空电磁法飞行探测，采集数据，经过数据预处理后，进行反演，形成电阻率三维成果图；形成磁化率三维成果图；4)通过电磁相对差异，电阻率值范围等确定深大断裂的空间走向、倾向、倾角、断层破碎带宽等；5)根据反演解译成果，结合工程，布设深孔钻探进行印证、对比分析，修正解译成果。