本发明提供一种人源化的抗金黄色葡萄球菌生物活性肽及其编码基因与应用，该活性肽DNA序列如SEQ ID NO.1所示，氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示；生物活性肽是模拟万古霉素结构和功能的“β”类型人源化抗独特型基因工程抗体，该基因工程抗体经原核表达，纯化后的抗独特性抗体蛋白具有与万古霉素多克隆抗体F(ab)2片段结合的活性，具有特异性抑制金黄色葡萄球菌生长的活性；本发明不经动物免疫而采用体外高通量筛选和鉴定的方式获得可模拟万古霉素抗菌功能的抗独特型基因工程抗体小分子多肽，靶向性强，制备周期短，氨基酸序列小，适合体外大规模生产，且动物安全性更高，对食用农产品和食品中金黄色葡萄球菌的安全性生物防控具有重要的科学意义和实用价值。