本发明为一种高原复杂山区地热异常深埋隧道工程高温热水判别方法，解决了现有技术中复杂艰险山区地热异常隧道工程高温热水判别困难的问题，用多种方法揭示了高温热水的出漏特征。本发明包括以下步骤：(1)获取区域的地质构造、地层岩性、获取地热背景特征；(2)基于地面物探以及航空物探对地温异常区块进行识别，揭示硬质岩隧道地热地质构造平面分布特征、洞身断裂带以及节理密集带低阻特征；(3)通过深孔勘探揭示地层结构、地下水位以及破碎带位置，钻孔分层测温数据揭示地温及变化，通过综合测试及地温陡度进一步确定深埋隧道所处地温地下水出露特征，(4)取样分析地下水水化学组份，综合判断隧道洞身范围内是否存在高温热水。