本发明涉及一种包埋蒽醌和脱氮硫杆菌的生物填料，其包含包埋剂和包埋物；所述包埋物含有扇贝壳粉、1,5二羟基蒽醌和脱氮硫杆菌；所述包埋剂包含聚乙烯醇-海藻酸钠共混膜和交联复合膜。本发明通过固定包埋醌类化合物1,5二羟基蒽醌以实现对硫自养反硝化速率的调节，并将该醌类化合物与脱氮硫杆菌、以及生物亲和性好且价格便宜的扇贝壳粉一起进行固定包埋，不仅可以提高微生物菌体的活性防止其流失，也可以提高传质速率，有利于提高反硝化脱氮反应速率和转化率。此外，本发明还改进了包埋剂，解决现有技术中单纯使用聚乙烯醇或海藻酸钠包埋所存在的技术问题。