本发明涉及一种液压柱塞泵的故障诊断方法及系统，具体步骤如下：开启正常液压柱塞泵样本，设置数据采集参数；将振动信号传输至振动采集卡；将流量信号、压力信号、温度信号、压差信号传输至数据采集卡；便携式工控机确定正常液压柱塞泵运行参数阈值或区间，建立正常液压柱塞泵信号数据库；开启工作液压柱塞泵，然后与正常液压柱塞泵信号数据库对比，进行有无故障判断。本发明不仅使故障判断更全面、准确；而且具有丰富的信息、变化快捷、延时性低、采集方便，可快速精确判断出柱塞泵运行状况；最后，本发明可以实现对液压柱塞泵健康状况进行实时监测，无需完全拆解故障柱塞泵，逐一检查零件，提高了液压柱塞泵故障检测和维修效率。