本发明涉及一种滤除噪声的同步相量计算方法及系统，对电力系统的信号进行采样；采用2周汉明窗对采样信号进行加窗；对加窗后的信号计算相对额定频率旋转坐标系的旋转相量；利用3个等间隔旋转相量构建一元二次方程，并求解得到相量z；基于所述相量z得到所述信号的相位、频率以及相量z的共轭相量；基于所述相位、频率和所述共轭相量对所述旋转相量进行修正，得到信号的同步相量。本发明考虑电力系统的动态行为，不易受频偏、谐波等噪声干扰；有效降低噪声对同步相量测量的影响；降低了系统频率偏移额定频率时，定间隔采样引起频谱泄露影响，相量和频率的测量具有较高的精度。