本发明公开一种有机硅改性聚氨酯密封材料，包括有机硅烷改性聚氨酯预聚物、深层固化促进剂、增塑剂、填料、扩链剂、催化剂、粘结促进剂、触变剂、防老化剂及存储稳定剂，有机硅烷改性聚氨酯预聚物由端胺基有机硅烷作为改性剂改性聚氨酯预聚物得到，聚氨酯预聚物为异氰酸酯与多元醇制备的异氰酸酯基的质量含量为0.5％～3％的预聚物。本发明采用特定的原料组合及合理的配比，能用于无砟轨道伸缩缝，且综合性能优异；本发明聚氨酯预聚体由特殊改性异氰酸酯单体与功能性多元醇制备而成，有效地改善其粘接性能和耐久性能。本发明还公开一种上述有机硅改性聚氨酯密封材料的制备方法，工艺精简，适合大规模化生产。