本发明提供了一种用于选择母鸡储精能力期间受精率的SNP分子标记及其应用，通过全基因组关联分析（GWAS）和限制性内切酶长度多态性（PCR‑RFLP）技术方法，首次在母鸡基因组3号染色体上筛选到6个与母鸡储精能力期间受精率相关联的SNP分子标记，这些SNP位点的多态性与母鸡的储精能力期间的受精率（授精一次至母鸡产出最后一枚受精蛋之间受精蛋个数所占产蛋个数的百分率）显著关联，所述的SNP分子标记可以分别单独用于选择和改良母鸡的受精率。