本发明提供了具有泵送恒速释药特性的肠靶向双腔室海藻酸钙基复合微胶囊及其制备方法。该复合微胶囊具有助推室和载药室两个独立的腔室，助推室与载药室之间通过隔膜隔开，助推室和载药室的囊壁由海藻酸钙‑壳聚糖内层、鱼精蛋白中间层和二氧化硅壳层组成，载药室的囊壁的内层中嵌有肠溶微球；助推室内包封有羧甲基纤维素钠与助推剂的混合液，载药室内包封有羧甲基纤维素钠与疏水药物的混合液；在肠道pH条件下，助推室为载药室中药物的释放提供泵送推动作用，使载药室中的药物实现零级恒速释放。本发明可解决现有微胶囊无法实现疏水药物肠靶向恒速释放的问题。