本发明涉及一种亚临界水提取菌丝体中那西肽的方法，该方法是：将发酵液进行过滤，得到菌丝体；所述菌丝体在6MPa、125~135℃、固液比为1 g：20~30mL的条件下，采用亚临界水进行萃取，25~45min后经过滤得到固体，该固体依次经洗涤、烘干，即得那西肽粗品。本发明首次将亚临界水技术应用于微生物次级代谢产物的提取，用亚临界水代替二氯甲烷作为萃取剂提取那西肽，不但经济环保，减少了三废排放，而且提取时间短。采用本发明方法后，菌丝体中的提取率达到93%以上。