本发明涉及一种包埋脱氮硫杆菌的高强度固定化微球的制备方法，其包括以下步骤，（1）获得脱氮硫杆菌的水溶液；（2）将聚乙烯醇和海藻酸钠加入水中，加热中使其变成粘稠液体，冷却后向其中加入火山岩粉，得到火山岩粉改性聚乙烯醇复合海藻酸钠包埋剂；（3）将牡蛎壳研磨成牡蛎粉；（4）步骤（3）得到的牡蛎粉和步骤（1）得到的湿菌体混合制得用于包埋的包埋体；（5）将包埋体和包埋剂混合均匀，滴加到交联剂中反应，直到凝固成球形获得固定化微球；（6）得到包埋脱氮硫杆菌的高强度固定化微球。本发明的固定化微球具有较高的机械强度和弹性，增强了水凝胶的使用寿命，具有很高的实际应用价值。