本申请涉及互联网药品配送领域，公开了一种购药订单的配送方法及系统，能够显著提高药店人员的时间利用率，降低成本。该方法包括：确定购药订单由药店自配送所对应的滑窗窗长；计算购药订单由药店自配送所对应的自配送滑窗起始位置和终止位置；利用滑窗法，计算药店在购药订单由药店自配送所对应的自配送滑窗起始位置和终止位置之间的每个时间段的预估客流量；计算每个时间段对应的预估店内剩余人力，如果在自配送滑窗起始位置和终止位置之间的时间段中，自配送所对应的滑窗窗长小于药店的预估店内剩余人力满足预先设置的自配送条件的连续的时间段的累积长度，则由药店进行自配送。