一种复配微生物菌剂及其在姜瘟病防治中的应用，所述复配微生物菌剂为秸秆纤维负载的生物菌剂，该秸秆纤维负载的生物菌剂的制备方法包括向混合菌液中添加秸秆纤维，混合均匀后制成秸秆纤维负载的生物菌剂，秸秆纤维与混合菌液两者之间的质量体积比为1Kg:3-6 L；所述混合菌液为含有解淀粉芽孢杆菌和枯草芽孢杆菌的菌液。本发明的复配生物菌剂、腐植酸和泥炭土，经过合理组合与应用，对土壤和（或）姜种中病原微生物（如青枯雷尔氏菌等）起到物理隔离、抑制或杀灭作用，同时负载大量功能微生物的秸秆纤维和富含营养元素的栽培基质可调节土壤微生态，改良土壤结构提升地力，增强姜的抗病能力，从而达到防治姜瘟病的目的。