本发明涉及双螺杆挤出机齿轮箱技术领域，公开了一种同向输出结构的装配及相位调整方法，包括箱体、第一输出轴系、中间轴系和第二输出轴系，所述的方法包括：S1，测量各轴系中的传动零件之间的角度误差；S2，将各轴系及传动零件按照设计位置装配于箱体上；S3，计算出实际相位偏差；S4，计算出需要调整旋转的齿位数和轴向移动量；S5，按照S4中的计算结果进行调整。按照本发明的方法来调整输出相位不需要对现有的齿轮箱内部结构进行改造，而且确保了齿轮副的扭矩传递能力，另外按照精确测量和计算得出的结果进行调整即可，不需要反复拆卸再装配，可以大大降低调整难度，缩短装配调整时间，大大节省人力物力。