本发明涉及一种多域多源电力系统负荷频率扰动观测器控制方法，包括以下步骤：1)获取多域多源电力系统内各子区域的负荷扰动模型；2)获取各子区域的负荷扰动模型的低阶标称模型，并求取低阶标称模型参数；3)基于低阶标称模型设计扰动观测器系统的滤波器；4)设计扰动观测器系统的反馈控制器；5)将滤波器和反馈控制器应用到负荷频率控制系统，完成多域多源电力系统负荷频率扰动观测器的控制。与现有技术相比，本发明具有无需额外观测信息、负荷扰动估计和补偿一体化、考虑多域多源结构和风能渗透影响等优点。