本发明公开了一种多微网分布式交互运行优化控制方法与系统，包括：构建微网机组组合模型及其约束条件；采用增广拉格朗日罚函数法对微网机组组合模型的微网间耦合约束进行松弛操作，以最小化风力储存成本、机组组合出力成本与相邻微网交互运行成本为目标构建多微网分布式交互运行优化目标函数；在约束条件下，采用拉格朗日罚函数法和松弛与近似机制求解多微网分布式交互运行优化目标函数，得到最优交互运行方案，并以此控制多微网交互运行时的机组启停操作。实现对不同微网间交互运行的分布式优化控制。