本发明涉及一种改善土壤次生盐渍化的排水井布设计算方法，包括确定盐渍化地下水临界埋深；确定研究区域水文地质参数；确定盐渍化区域地下水降深；计算排水井的影响半径；确定盐渍化区域排水井的合理布设。本发明以盐渍化地下水临界埋深为管控目标，精准确定次生盐渍化区域地下水合理降深，通过分析排水井抽水对地下水水位的影响，确定排水井的影响半径，从而通过合理布设排水井来实现精准降低次生盐碱化区域的地下水水位，达到显著有效改善因灌溉回归水排水不畅导致局部区域地下水位过高而导致的次生盐渍化。该方法对地下水过高导致土壤盐渍化问题的解决具有通用性，为指导土壤盐渍化的治理和地下水资源合理开发利用提供可靠的理论与技术支撑。