本发明公开了一种菊花状轻质可排阻蛋白质分子印迹磁性纳米材料及其制备方法和应用，首先，通过溶剂热法合成PEG修饰的磁性纳米球；然后，将PEG修饰的磁性纳米球和雌二醇加入改性的牛血清蛋白缓冲溶液中，制得模板‑载体的复合物；最后，用洗脱液将模板分子雌二醇去除，通过外加磁场将固态聚合物分离出来，将分离出来的固态聚合物洗脱、干燥后，制得菊花状轻质可排阻蛋白质分子印迹磁性纳米材料。本发明制得的菊花状轻质可排阻蛋白质分子印迹磁性纳米材料，其粒径均一、结构稳定性好、磁响应强、可重复利用性好，且对雌二醇的选择性吸附能力强、单位质量吸附量高、回收率高、对牛奶中蛋白质的排阻效果好，同时材料成本低廉，制备简单。