发明公开了一种基于BERT和相似度算法的医疗知识图谱问答系统构建方法，包括：利用Python爬虫爬取网络公开医疗百科信息，存储至图数据库Neo4j中，构造医疗知识图谱；对公开的医疗问答数据集进行数据处理，利用CNN‑BiLSTM‑CRF算法实现命名实体识别；通过BERT‑TextCNN算法实现关系抽取；匹配预设定的问题查询语句；利用TF‑IDF算法对医疗问答数据集建立相似度模型。用户输入医疗相关关键字或语句调用算法获取相关医疗实体数据和相似病历回答，将查询数据返还WEB应用程序。本发明通过ECharts渲染医疗实体属性数据和实体间关系数据，实现医疗实体关系可视化以及医疗自动问答系统。