本发明公开了一种基于核酸内切酶的快速WGS建库方法。本发明提供了一种制备DNA文库的方法，依次包括如下步骤：(1)采用核酸内切酶进行打断；所述核酸内切酶具有在双链DNA上产生单链切口的活性；(2)同时采用Taq‑Klenow和DNA聚合酶进行末端补平和加A，同时利用DTT进行灭活前一步骤中加入的核酸内切酶；(3)完成步骤(2)后，不进行纯化，直接进行加接头。本发明中，实现一管内完成打断、补平、加dA和连接。从而实现简化和稳定的WGS(包括PCR‑free WGS)建库。