本发明提供一种甲醇重整燃料电池系统，包括：重整室，用于甲醇、水蒸气在催化剂的作用下重整制氢，生成富氢的混合气；空气过滤系统，用于对空气进行过滤得到过滤空气；电堆，通过管路分别与重整室和空气过滤系统连接；辅助加热系统，分别与重整室、空气过滤系统和电堆连接；用于在甲醇重整燃料电池系统启动环节对电堆、重整室和空气过滤系统的过滤空气进行加热，用于在甲醇重整燃料电池系统正常工作环节采用电堆发电产生的热量对重整室和空气过滤系统的过滤空气进行加热。本发明的甲醇重整燃料电池系统，通过辅助加热系统利用电堆产生的热能对重整室和过滤空气进行加热，从而有效利用电堆产生的热能。