本发明公开了一种超级电容器储能系统充电的滑模引导控制方法及装置，其方法为：从超级电容器储能系统中选择充电曲线最低的超级电容单体作为引导节点，任选一个最小生成树作为超级电容器储能系统充电的通信拓扑；在超级电容器储能系统充电期间，周期性采集每个超级电容单体的端电压，并将端电压数据按照通信拓扑关系发送给本地以及下级超级电容单元的控制器；每个超级电容单元的控制器在每个周期得到本地以及上级超级电容单体的端电压数据时，计算电压跟踪误差并基于滑模控制生成开关控制信号；将开关控制信号转换为驱动信号，以驱动本地超级电容单元中开关的通断。本发明可减小电压偏差，提高系统的可靠性，而且有效提高能效，有良好的可扩展性。