本申请公开了一种消毒隔断式输送方法及用于该方法的消毒隔断输送机，在两个相对独立的空间之间设置连通通道，并将消毒液完全浸没所述连通通道，通过消毒液和连通通道隔断两个相对独立空间的交叉污染，使两个空间持续保持各自的卫生度或环境等级；通过消毒液和连通通道同时还实现了两个相对独立空间的连通，标的物在输送机构作用下穿过消毒液在两个空间之间进行输送，影响两个空间固有环境的因素被消毒液去除。因此，不仅能够有效提高两个空间之间物品的运输效率，还能够维持两个相对独立的空间的卫生度或环境等级，避免两个空间在输送物品时造成交叉污染。