本发明公开了一种高附加值的餐余克氏原螯虾废弃物综合利用方法，包括1)分选：将油炸和其他加工方式分开，将肝胰脏和其他分开；2)清洗：3)高温蒸汽灭菌；4)低温负压烘干；5)破碎：除肝胰脏外的部分，破碎，得原料1；6)肝胰脏脱脂：采用浸出法脱脂，得原料2；7)果酸钙：在原料中加入柠檬酸，苹果酸，加水，加热，辅助以搅拌，过滤得溶液A和残渣A，溶液A为果酸钙溶液，干燥后得果酸钙；8)氨基酸：将残渣A20份加水至100份，在55℃条件下，使用0.1％的木瓜蛋白酶水解，得溶液B和残渣B，溶液B经真空干燥后，固体物为蛋白质。本发明能对餐余废弃物中的有用物质综合利用，提高了餐余物的价值，减少垃圾处理的成本。