本发明提供了一种跟踪机动目标的无人机控制方法及系统，该方法包括：获取运动信息，所述运动信息包括位置信息和速度信息；获得多旋翼无人机的滚转角指令；对多旋翼无人机的飞行姿态进行控制，该方法还包括设立虚拟目标，通过多旋翼无人机对虚拟目标的追踪完成对追踪目标的跟踪。本发明采用改进的参考点法，还利用设立虚拟目标的方法对多旋翼机的飞行姿态进行控制，使得在跟踪目标时，多旋翼机能够收敛到期望航迹上，本发明可实现多旋翼机绕目标顺时针和逆时针方向飞行，从任意初始位置及初始飞行方向快速收敛到期望航迹上。