本发明公开了一种草鱼出血病二价核酸菌蜕疫苗的制备方法，属于基因工程疫苗技术领域。本发明公开的一种草鱼出血病二价核酸菌蜕疫苗的制备方法，首先以GCRV‑I、II S10基因为靶基因，构建融合表达GCRV‑I、II衣壳蛋白的真核表达载体，并进行体外表达鉴定；第二阶段制备大肠杆菌DH5α菌蜕，将裂解质粒pHH43导入大肠杆菌DH5α，制备出具有完好外膜的大肠杆菌菌蜕；第三阶段进行大肠杆菌菌蜕装载重组质粒研制二价核酸菌蜕疫苗，并进行实验室免疫效果评价研究，初步确定了免疫方案并进行了免疫示范应用。