本发明公开了一种城市轨道交通疫情传播风险量化评估方法及系统，包括以下步骤：以每个城市轨道交通车站为中心，获取周边交通枢纽、医院、具有确诊或疑似病例的小区分布数据；根据城市轨道交通车站的客流拥挤程度，周边交通枢纽、医院、具有确诊或疑似病例的小区分布数据，以及相应输入性风险值，计算各车站的车站级疫情传播风险；根据各车站的车站级疫情传播风险，计算经过各车站的线路级疫情传播风险；根据各车站的车站级疫情传播风险，计算轨道交通线全网疫情传播风险。本发明综合考虑了站点周边的用地属性、客流规模等因素，建立了点‑线‑网多层级一体化的城市轨道交通系统传播风险的动态量化评估方法，为精细化常态化疫情防控提供量化依据。