本发明公开了一种繁殖孢子体隐性雄性核不育的方法，步骤如下：将孢子体雄性可育基因Y，内源性配子体雄性可育基因下调表达元件Xi，除草剂A抗性基因AR，除草剂B抗性基因下调元件Bi和花青素基因C或其下调元件Ci连锁转入所述孢子体可育基因Y的不育突变体，用阳性株给不育株授粉以繁殖孢子体核不育系。该方法具有通用性，适用于所有植物，可获得不育株率为100％的孢子体核不育系；并且可降低分离不育系和保持系的成本；可早期，直观，快速，准确和经济地进行纯度鉴定；纯度不合格的不育系可早期、迅速、经济、彻底地提升纯度，继续用于制种；相关调控元件可全部选择内源性核酸片段。