本发明公开了一种基于更迭仓的多功能冻干冷凝仪，包括箱体；所述箱体内设置有冷凝单元、真空生成单元、智控单元以及可开合的密封仓体，所述密封仓体内设置多孔冻干冷凝仓或简易冻干仓。更迭仓是指简易冻干仓和多孔冻干冷凝仓的更迭。根据不同的需要选择不同的仓型更替使用，同时更换对应的集液槽。简易冻干仓适用于只需要冻干的固体样品。多孔冻干冷凝仓适用于需要固体样品或固体样品加冷凝水样品时，选择多孔冻干冷凝仓。本发明只需根据不同的要求选用不同的仓体既可以冻干样品，又可同步收集每个样品的冷凝水。