本发明公开了一种用于控制光伏并网发电系统再并网的方法及系统，属于电力系统控制技术领域。本发明方法，包括：监测到所述光伏发电并网开关为打开状态时，保持光伏发电并网系统锁相环控制，使光伏发电并网系统逆变器交流侧电压与电网电压保持同步；将冲击抑制电路投入至光伏发电并网系统逆变器直流侧，控制抑制冲击电路通过开关管控制耗能电阻的投入和退出抑制所述逆变器直流侧的电压变化；将光伏发电并网系统逆变器的d轴电流控制参考值设置为光伏发电并网系统脱网前的d轴电流控制参考值，完成光伏并网发电系统再并网；本发明减小了光伏发电并网系统的再并网时间，加快了光伏发电并网系统的响应速度，有利于发挥光伏对电网的紧急控制能力。