本发明提供了一种充气活菌透明乳清饮料及其制备方法。以重量百分比计，该充气活菌透明乳清饮料的原料组成包括：乳清蛋白粉、甜味剂、稳定剂、酸度调节剂、乳酸菌菌粉、食用香精、余量为纯净水；该充气活菌透明乳清饮料还含有3g/L‑8g/L的二氧化碳；其中，所述乳清蛋白粉是经离子交换工艺生产的中性分离乳清蛋白；所述乳酸菌菌粉包括副干酪乳杆菌菌粉。本发明还提供了上述乳清饮料的制备方法。本发明通过选择合适的中性分离乳清蛋白及菌种能够使乳清蛋白溶液发酵后具有较高的活菌数及相对透明的色泽，同时通过采用适当的稳定剂使基料充气后保持良好的稳定性及清爽的口感。