本公开涉及生物材料提取领域，具体提供一种骨提取物的制备方法及对骨质疏松和骨关节炎的应用。所述骨提取物的制备方法包括如下步骤：将骨粉置于水中煮沸，不停的吸弃上层油脂，降温，将木瓜蛋白酶加入溶液体系，搅拌均匀，再加入中性蛋白酶，保温搅拌，静置后，加热灭酶，减压浓缩，冷冻干燥后即得骨提取物。解决现有技术中关节炎、骨折患者对酶解骨提取物的吸收效果较差的问题，本公开骨提取物的制备方法，不仅降低工艺能耗、缩短时间、提高收率，还获得了低分子量胶原蛋白肽和硫酸软骨素螯合钙组合物，成分比例接近人体中骨的组成，更容易消化吸收，促进骨的增殖，并提高了资源的综合利用，提高其的附加值，具有较高的经济和社会效益。