本发明公开了水稻芽鞘紫线基因OsMYB76的应用及实现方法，该基因核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，该基因改造后的序列如SEQ ID NO.1所示，该基因的干涉片段序列如SEQ ID NO.3所示；该基因、改造后的基因或该基因的下调表达能调控水稻芽鞘等部位花青素的合成，因此可在转基因鉴定中用作报告基因，并且该方法识别转基因阳性后代方法简单、准确性高，在简化配子体雄性不育鉴定、鉴定转基因成分随花粉传递比率以及去除转基因污染的方法及提高其准确性等方面具有重要作用。